I am Charmie

メモとログ

python

yolov8 with anaconda

YOLOv8をAnacondaの仮想環境で使う conda create -n yolov8 python=3.11 conda activate yolov8 mkdir yolov8 cd yolov8 git clone https://github.com/ultralytics/ultralytics.git cd ultralytics/ pip install -r requirements.txt pip install ultralyti…

open3d on anaconda

dense rgb-d slam を使いたい conda create -n rgbd-slam python=3.10 anaconda conda activate rgbd-slam conda install -c conda-forge python-kaleido pip install PyQt5 PyQtWebEngine pip install open3d

hydra

hydraは階層構造を持つ設定を扱うためのPythonフレームワーク このサンプルが分かりやすい 設定を外部ファイル(yaml形式)として保持 メインプログラムは設定ファイルを読み込んで,インスタンスを生成 このjupyter notebookを見ると,設定ファイルを読み込…

VSCodeでdocker

Remote Developmentという拡張機能をインストールするとOK UIが自分の直感と合わなくてすごくイライラする VSCodeのウィンドウ左下の青いボタンをクリックすると,コマンドパレットみたいなものがVSCodeの上の方で開く コンテナの作成・終了は以下の通り 該…

plotly.express.imshow on Google Colaboratoryの落とし穴

はまったのでメモ plotly.express.imshowにカラー画像(3次元配列)を与えると以下のようなエラーを表示した. /usr/local/lib/python3.7/dist-packages/PIL/Image.py in save(self, fp, format, **params) 2121 expand=0, 2122 center=None, -> 2123 translat…

Optuna: plot_***()が何も表示しない

plotlyでも同じ問題生じたなーと思った. 解決策は以下の通り # 修正前: 何も表示されない optuna.visualization.plot_intermediate_values(study) # 修正後: ブラウザに表示される optuna.visualization.plot_intermediate_values(study).show(renderer="br…

COCO-format (object detection)

公式情報を整理 COCO API よりKWCOCOの方が使いやすそう 目的に応じて微妙に違うフォーマット JSON形式で保存 共通するフォーマットは以下の通り 一番軽い2017valのアノテーションファイルをダウンロードしてみる この説明が分かりやすい { "info": { "year"…

Anaconda for all users on Linux

これ に従って /etc/prifle に以下を追記すればOK # >>> conda initialize >>> # !! Contents within this block are managed by 'conda init' !! __conda_setup="$('/opt/YOUR_CONDA_DISTRIB_NAME/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)" if [ $? -…

Pythonでガウス過程

多値出力のガウス過程を実装したPythonパッケージが欲しい パッケージ GPU 多値出力 ハイパーパラメータ調整 備考 GPy メンテしてない? GPyTorch o o 多値出力は2007年の論文を実装 GPflow o o (1, 2) TensorFlowベース MOGPTK o o 多値出力を想定.PyTorch…

PyTorch and GPyTorch on Windows

改めてWindowsはクソ. 手順としては,以下のようにインストールしていく. cuDNNのインストールディレクトリを環境変数に設定しなくてもPyTorchのサンプルプログラムは動いたけど,本当に大丈夫なのかは謎. NVIDIA Driverのインストール NVIDIA Driverを最…

PyCharm: plot on another window

Go File > Settings > Tools > Python Scientific and uncheck Show plots in tool window

SQLAlchemy: テーブルのデータを検索したり

sqlalchemyでDB中のテーブルのデータを検索したり数を数えたりする方法. RDBの使い方的に正しいか謎 テーブルのカラムのデータが,別テーブルのデータのidのどれかと一致するか調べたかった filter()を使って,filter(tableA.tableB_id in tableB.id)みたい…

SQLAlchemy: 登録されているrowを数える

ここを読めば何となく分かる. from sqlalchemy.orm import declarative_base from sqlalchemy import Column, Integer, String from sqlalchemy import func from sqlalchemy.orm import sessionmaker Base = declarative_base() class User(Base): __table…

BioPython関係

% conda config --add channels bioconda % conda config --add channels conda-forge % conda install biopython % conda install cython seaborn pysam pyvcf simuPOP dendropy rpy2 % conda install r-essentials r-gridextra

export interactive Bokeh plot to csv

目的 オンラインで学生実験を行うためのwebアプリ開発 - コンデンサの充放電の実験 作ってみたサンプル Bokehのサンプルプログラムを改造して,サインカーブの一部をcsvとして保存するページを作った. charmie11.github.io 要件 github上で公開可能 (インス…

matplotlib bar and barh with hatch

plot of bar or barh with hatch, that adds pattern to bars, does not work with savefig as pdf. The result pdf lacks some bars without hatch patterns. To fix this, a simple solution is render with alpha=some value. The following stackoverflo…

manifold learning in sklearn

sklearn で Manifold Learning Manifold Learningは非線形な高次元のデータを次元圧縮する時に使われる. sklearnでも色々なアルゴリズムの実装が提供されている. 複数のアルゴリズムの比較はこのサンプルを見ると分かる. fit とtransformを別々に実行可能…

skimage.transform.rescale with color image

skimage.transform.rescale関数を使った時にハマったので,備忘録. 色々試行錯誤したコードはページの下の方に載せている. カラー画像とグレースケール画像をで変換する時の色々を載せる. 原画像 以下のように,両画像が8bitの画像として読み込まれる. c…

networkx

networkxの使い方のメモ networkxのTutorialに書いてある. Graphの生成 import networkx as nx G = nx.Graph() グラフGにノードを追加 add_nodeでノードを1つ追加,add_nodes_fromで複数のノードをまとめて追加できる G.add_node(1) G.add_nodes_from([2, 3…

PyWavelets

PyWaveletsに関するメモ (公式資料の低質の和訳). PyWaveletsとは Wavelet変換を実現するためのオープンソースのPythonパッケージ 以下の機能を提供 1次元,2次元,多次元の離散Wavelet変換(DWT)と逆離散Wavelet変換(IDWT) 1次元,2次元,多次元の多重解像…

Mac OSX セットアップ

from App store ソフトウェア 備考 Commander One Slack Xcode command line toolsのインストールだけでもOKっぽい Tag Editor Free ForkLift Dark modeなしファイルマネージャ from installer ソフトウェア 備考 Dropbox Office 365 Skype Sublime Text 3 t…

RealSense SDK 2.0 on Mac OSX

目標は以下の通り. - RealSsnse d435をMac OSXで使えるようにする - pythonでも使えるようにする 公式のreadmeで不足している情報も書く. コンパイル時にlibusb関係のエラーが出たので~/.bash_profileに以下を追記 (ディレクトリ名はインストールされてい…

Mac OS X crashes and goes back to login window as soon as python codes executed

I had experiences that Mac OS X crashed and goes back to login window as soon as I execute some python codes. The codes contain either matplotlib or tk visualization. The first experience was with matplotlib on spyder. I guess the crash is…

PyCharm: cross platform Python IDE

PyCharm is a python IDE. Community Edition How to install for Ubuntu We can install via Ubuntu software center as a snap package. See here for detail. Alternatively, we can do it via terminal as written in the official web. sudo snap insta…

g2opy on Mac Mojave

The two issues on the repository has not been merged yet as of 2019.10.05, however is super important to compile and install. It's fine to apply these two pull requests by yourself before compile,

g2opy compilation error on mac

The problem occurs when I compiled g2opy on Mac OS X Mojave. The solution is to edit as follows: // this is code is one before edit .def("x", (double (Eigen::Quaterniond::*) () const) &Eigen::Quaterniond::x) .def("y", (double (Eigen::Quate…

No module named cv2.aruco

opencv-python と opencv-contrib-pythonが競合を起こすらしい. 解決策は,いったん両方をアンインストールしてから,再度 opencv-contrib-python のみをインストール. pip uninstall opencv-python pip uninstall opencv-contrib-python pip install open…

Anaconda's channel priority

Summary about Anaconda's channel priority to avoid unexpected version change of some packages manage channel priority by conda config --add/--prepend/--append channels new_channel -. You can check the official information here The problem …

Nvidiaのドライバを間違えてupgradeしちゃった時の対処

3行で nvidiaのドライバを削除 cuda関係のファイルを削除 再インストール 経緯 ubuntuのパッケージマネージャでupgradeをした時に,nvidiaのドライバをupgradeしてしまったっぽく,pytorchでcudaを使った処理ができなくて困った. (実は未だに)状況を完全に…

Aruco in OpenCV

OpenCVで実装されているArucoに関するメモ.あくまでもPython.Versionは4.0.0.21テスト チュートリアルに書いてある内容+α. dictionary(マーカのセット)は2種類1. predefined dictionary: あらかじめ用意されているマーカ2. custom dictionary: 自作するd…