I am Charmie

メモとログ

PyTorch and GPyTorch on Windows

python PyTorch GPyTorch Windows

改めてWindowsはクソ．

手順としては，以下のようにインストールしていく． cuDNNのインストールディレクトリを環境変数に設定しなくてもPyTorchのサンプルプログラムは動いたけど，本当に大丈夫なのかは謎．

  1. NVIDIA Driverのインストール
  2. NVIDIA Driverを最新版(472.84)にアップデート
  3. CUDAも11.4にアップデートされた
  4. CUDA Toolkitのインストール
  5. 11.4.3を選択
  6. NVIDIA Driverと共に勝手にアップデートされたCUDAのバージョンに合わせたが，11.5.0でもOKなのか分からない
  7. Visual Studioのインストール
  8. 昔インストールした2019 Community Editionをそのまま使用
  9. Visual Studio Installerを起動してTools and Windows SDKを追加インストールする必要あり
  10. 全く持って理解に苦しむんだけど，stdlib系の.hファイルがデフォルトでインストールされていないため (参照)
  11. CUDA Toolkitのサンプルプログラム実行
  12. 上記のWindows SDKのインストールをしないとエラー祭り
  13. vulkan, freeglutなどのヘッダファイルがないエラーが起きる
  14. cuDNNのインストール
  15. CUDAのバージョンに該当するcuDNN(zipファイル)をダウンロード
  16. 展開したら cuda フォルダ内の bin, include, lib フォルダを CUDA Toolkitのフォルダにコピー
    • 自分の環境は C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v11.4 だった
  17. Anaconda (python 3.9)のインストール
  18. 現バージョンではデフォルトでpython 3.9がインストールされる
  19. Anacondaのフォルダにアクセス権限を設ける
    • C:\ProgramData\Anaconda3 というフォルダだった
    • フォルダ > プロパティ > セキュリティ > 詳細設定 > 継承を有効化
    • 読み取りと実行の権限を付与しないとAnaconda系の機能を使えない
  20. PyTorchのインストール
  21. 自身の環境に合わせてインストールコマンドを選択
  22. Anaconda Promptを管理者として起動して，インストールコマンドを実行

Rのインストール

ubuntu R

全然うまくいかなかったので，やり方を調べた このページを参考にした

手順1: パブリックキーを手動で取得

  • このページでファイルを取得
  • キーは0xE298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
  • 表示されるファイルを保存 (lookup.txtとして保存)

手順2: キーを追加

$ cat lookup.txt | sudo apt-key add -
$ sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'

手順3: r-baseをインストール

$ sudo apt update
$ sudo apt install r-base

手順4: Rのバージョンを確認

Rのバージョンが4.1以上になっていればOK．

$ R --version

R version 4.1.2 (2021-11-01) -- "Bird Hippie"
Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
https://www.gnu.org/licenses/.

3.6などがインストールされている場合は，一度アンインストールしてからレポジトリを追加して再インストール

$ sudo apt purge --remove r-base
$ sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'
$ sudo apt update
$ sudo apt install r-base

CUDAで使うGPUを環境変数で設定

ubuntu cuda gpu

ここに書いてある通り，CUDA_VISIBLE_DEVICESという環境変数にCUDAが使用するGPUのデバイス番号を設定すればいい

.bashrcに以下の命令を書き足せばOKかな？

# 0番と1番のGPUを使用可能にする場合
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1
# 0番と1番のGPUを使用可能にする場合
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1

Mendeley Desktop on Ubuntu 20.04

ubuntu mendeley

以下の手順でMendeley Desktop (Reference Managerじゃない)をインストールできる．

  • いきなりdebパッケージからインストールしようとすると依存関係でエラーが生じるので，最初にgconf2をインストールする．
  • 上記のエラーが発生した場合は，sudo apt --fix-broken installを実行しないとダメ
# install dependency
sudo apt install gconf2

# download installer
wget https://desktop-download.mendeley.com/download/apt/pool/main/m/mendeleydesktop/mendeleydesktop_1.19.8-stable_amd64.deb

# install mendeley desktop
sudo dpkg -i mendeleydesktop_1.19.8-stable_amd64.deb

beamerでよくハマる所

LaTeX beamer

hyperrefのリンク

  • pdfborderの設定を変更しないとリンクを囲む枠線が表示されない (詳細はここ)
  • *bordercolorで各枠線の色を指定 (参考文献，文書内リンク，URLなど)
\hypersetup{
  colorlinks=false,
  pdfborder={0 0 1},
  citebordercolor=green,
  linkbordercolor=red,
  urlbordercolor=cyan
}

enumerateの表記

  • default設定(コメント部): subitem, subsubitemは数字が追加されまくる
  • カスタマイズ: subitem, subsubitemも自身の数字だけ表示
\setbeamertemplate{enumerate item}{\insertenumlabel.}
% \setbeamertemplate{enumerate subitem}{\insertenumlabel.\insertsubenumlabel}
\setbeamertemplate{enumerate subitem}{\insertsubenumlabel}
% \setbeamertemplate{enumerate subsubitem}{\insertenumlabel.\insertsubenumlabel.\insertsubsubenumlabel}
\setbeamertemplate{enumerate subsubitem}{\insertsubsubenumlabel}